Ses études furent sans éclat. En 1896, à 17 ans, il est entré au Collège Sainte-Marie, où il s'est révélé un étudiant médiocre, préférant se plonger dans l'étude et l'écriture de la poésie. En 1897, contre la volonté de ses parents, il a abandonné ses études pour se consacrer à la poésie. Très occupé à composer des vers, il ne pouvait envisager de devenir autre chose que poète.

C'est en 1896 qu'il a rencontré son mentor et futur éditeur, le prêtre Eugène Seers (plus tard appelé Louis Dantin), et Joseph Melançon qui l'a introduit aux cercles littéraires de Montréal. Sous le pseudonyme d'Émile Kovar, Nelligan a publié son premier poème, «Rêve fantastique», dans Le Samedi (13 juin 1896). En septembre de la même année, huit autres de ses poèmes avaient été publiés dans les journaux locaux et d'autres publications tels que Le Monde illustré et l'Alliance nationale. Les poèmes de Nelligan démontraient une sensibilité remarquable au pouvoir des mots et à la mélodie de la langue; ils étaient empreints de mélancolie et de nostalgie. En 1897, il a publié ses poèmes sous son vrai nom pour la première fois dans Le Monde illustré et La Patrie, même s'il l'épelait parfois «Nellighan» ou «Nelighan».

En 1897, Nelligan a été invité par son ami Arthur de Bussières à se joindre à l'École littéraire de Montréal, un cercle de jeunes écrivains et intellectuels qui se réunissaient chaque semaine pour discuter des arts. Créé en 1895 par des étudiants inquiets de ce qui leur semblait être l'état de dégradation de la langue française, le groupe a bientôt attiré les écrivains les plus intéressants et dynamiques de l'époque. Au cours de plusieurs séances, le jeune Nelligan a lu sa poésie avec une profonde sensibilité. Il se considérait comme un poète dans la tradition romantique, et il en avait certainement l'apparence physique, avec sa belle et triste apparence à la Byron, ses grands yeux expressifs et son air songeur et distant.

En 1898, son père lui a fait faire un voyage en mer vers Liverpool et Belfast; les détails en demeurent incertains, mais on pense que Nelligan père avait entrepris d'enrôler Émile dans la marine marchande. Plus tard cette année-là, il lui a trouvé un emploi de teneur de livres. Ces emplois n'ont abouti à rien car, au grand désarroi de son père, Nelligan a résolu de se consacrer à son art, la poésie. Souvent, il s'est réfugié dans la mansarde de son ami de

C'est à cette époque que l'École littéraire de Montréal a pris l'initiative d'organiser une série de séances publiques auxquelles Nelligan a participé. C'est à la séance du 26 mai 1899 qu'il a récité avec ferveur son poème «La Romance du vin», une réplique passionnée aux détracteurs de la poésie. L'audience lui a accordé une ovation retentissante, et Nelligan a été ramené chez lui en triomphe. Malheureusement, cette apparition en public, le meilleur moment de sa vie de poète, aura été la dernière. Peu de temps après, le 9 août 1899, sa santé mentale toujours chancelante a complètement basculé et il a été confiné au refuge Saint-Benoît, montrant des signes de troubles mentaux. Nelligan est resté vingt-cinq ans à Saint-Benoît, puis a été transféré à l'hôpital psychiatrique Saint-Jean-de-Dieu. Durant ses années de réclusion, il a continué à écrire, mais il avait perdu la capacité de créer une oeuvre véritable et passait son temps à recopier de mémoire ses poèmes antérieurs. Il est resté à l'hôpital jusqu'à son décès, survenu le 18 novembre 1941.

L'oeuvre d'Émile Nelligan compte quelque 170 poèmes, sonnets, rondeaux, chansons et poèmes en prose. Ce qui est étonnant, c'est qu'il a écrit tout cela entre les âges de seize et dix-neuf ans. Il avait publié seulement vingt-trois poèmes avant son internement, mais, en 1904, grâce à la diligence de son ami Louis Dantin et à l'aide de sa mère, 107 poèmes ont été publiés dans Émile Nelligan et son oeuvre, avec une préface de Dantin. Trois autres éditions ont été publiées en 1925, 1932 et 1945. En 1952, Luc Lacourcière a publié une édition complète des poèmes de Nelligan intitulée Poésies complètes : 1869-1899, contenant les 107 poèmes rassemblés par Dantin et d'autres poèmes, écrits par Nelligan avant son hospitalisation, qui avaient été envoyés à des amis ou retrouvés parmi ses papiers. Cette édition a été réimprimée plusieurs fois, la dernière en 1989.

Émile Nelligan était un pionnier de la littérature canadienne-française. Dans sa poésie, il a abandonné les sujets éculés de patriotisme et de fidélité au pays, qui avaient occupé ses prédécesseurs littéraires, pour explorer les dimensions symboliques de la langue et sa sombre vision